Evidencia presentada en papel: Cuando las evidencia informática se aporta en papel  en un procedimiento judicial, la parte perjudicada tiene la posibilidad de impugnar dichos documentos mediante la invocación de la jurisprudencia (STS 300/2015 y siguientes). Esta jurisprudencia viene a decir que, la parte que pretende hacer valer las evidencias presentadas en papel, debe presentar un informe pericial informático que, en virtud de la Ley de Enjuiciamiento Civil y de la Ley de Enjuiciamiento Criminal, deberá estar firmado por un perito informático en posesión de titulación oficial.

Rotura de la cadena de custodia: Es de vital importancia mantener la integridad  de la cadena de custodia. La cadena de custodia se rompe cuando existe un indicio que pueda llegar a poner en duda la autenticidad de los elementos probatorios preservados.  Por lo que si se demuestra la rotura de la cadena de custodia se podría considerar la prueba como nula.

Errores de metodología: La metodología utilizada en el estudio de evidencias debe ser metódica, reproducible y se debe huir de deducciones no demostradas a nivel técnico. Es decir, no se pueden usar técnicas sacadas del bolsillo, sino que deben utilizar técnicas tales como el análisis de metadatos en ficheros electrónicos, estudio de código MIME de correos electrónicos, etc…